Susunan Organisasi Dinas Pertanian dan Perikanan adalah sebagai berikut :
a. Kepala Dinas;
b. Sekretariat, membawahi :
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
- Sub Bagian keuangan
- Sub Bagian penyusunan Program dan Pelaporan
c. Bidang Prasarana dan Sarana Pertanian, membawahi :
- Seksi Pendayagunaan Lahan dan Air
- Seksi Pupuk, Pestisida dan Alat Mesin Pertanian
- Seksi Pembiayaan
d. Bidang Tanaman Pangan dan Hortikultura, membawahi :
- Seksi Tanaman Serealia
- Seksi Tanaman Aneka Kacang dan Aneka Umbi
- Seksi Tanaman Hortikultura
e. Bidang Perkebunan, membawahi :
- Seksi Tanaman Perkebunan Semusim
- Seksi Tanaman Perkebunan Tahunan
- Seksi Pascapanen, Pengolahan dan Pemasaran Hasil Perkebunan
f. Bidang Perikanan, membawahi
- Seksi Perikanan Budidaya
- Seksi Perikanan Tangkap
- Seksi pengolahan dan Daya manusia Perikanan
g. Bidang Kelembagaan dan Sumber Daya Manusia, membawahi :
- Seksi Kelembagaan dan Ketenagaan
- Seksi Metode dan Informasi
h. Unit Pelaksana Teknis (UPT)
i. Kelompok Jabatan Fungsional